Durante muchoss los extraterrestres han vivido en la Tierra mezclados con los humanos sin que nadie lo supiese. Los Hombres de Negro son agentes especiales pertenecientes a una asociacion altamente secreta del gobierno encargados de controlar a los alienigenas. Ahora dos de estos agentes - uno veterano y otro recien incorporado que tienen como mision vigilar a los alienigenas que habitan en la ciudad de Nueva York descubren a un terrorista galactico que pretende acabar con la humanidad.