Lluvia de Albondigas 2 empieza exactamente donde terminaba la primera parte. El genio del inventor Flint Lockwoods acaba siendo reconocido por su idolo Chester V que lo invita a unirse a la The Live Corp Company donde los inventores mas brillantes del mundo crean nuevas tecnologias para el bienestar de la humanidad. La mano derecha de Chester es Barb una orangutana dotada de un cerebro humano altamente evolucionado que le permite ser muy retorcida y manipuladora. El sueño de Flint cambia cuando descubre que la maquina de su invencion destinada a convertir el agua en alimentos ha pasado a crear hibridos de animales-comida. Para salvar a la humanidad Chester envia a Flint y a sus colegas a una peligrosa mision que los llevara a enfrentarse a tacocodrilos gambances quesoarañas con doble de bacon y otras criaturas igualmente extravagantes.