En un area muy alejada de Johto la region es un lugar con aguas cristalinas provenientes de montañas las cuales son prohibidas y guardan un secreto. Mewtwo y su compañero Pokemon finalmente han encontrado un hogar en donde pueden vivir y prosperar lejos de los humanos. Y como anteriormente Mewtwo borro la memoria de todos exepto la de su enemigo Giovanni la fuerza malavada detras de la creacion de Mewtwo. Ahora el lider del Equipo Rocket a descubierto la ubiacacion de Mewtwo. Y como la suerte lo tendria se presenta Ash Pikachu y sus amigos. Pronto Giovanni consigue atrapar a Mewtwo y lo somete a su autoridad. Asi que Ash lo ayuda pero ahora su hogar esta en juego.