El pokemon Shaymin se encuentra por accidente en medio de la batalla entre dos pokemoN muy poderosos Dialga y Giratina y sin comerlo ni beberlo termina metido en un misterioso universo paralelo. Un gas venenoso se expande por todos lados y Shaymin hace su ataque Seed Flare para limpiar el gas lo que por suerte para el le hace volver al mundo real. Ash y sus amigos se encuentran a Shaymin y rapidamente se hacen amigos sobre todo al descubrir que tienen en comun su interes por la naturaleza. Sin embargo Shaymon no va a estar tranquilo por que Giratina quiere venganza. La aparicion de un temible villano y del pokemon legendario Regigigas terminan por redondear una aventura llena de misterios.