Secuela de de G.I. Joe. Dos soldados destinados en Kazajistan - el capitan Duke Hauser y su compañero Ripcord reciben la orden de transportar un armamento especial creado por MARS una empresa de armas controlada por James McCullen. Tras ser atracados por unos bandidos son rescatados por los G.I. Joe un grupo secreto internacional de fuerzas especiales dirigido por el general Abernathy - Hawk. Los bandidos pertenecen a una siniestra organizacion llamada Cobra. Mientras Duke y Ripcord se entrenan para unirse al grupo McCullen - Destro trabaja en secreto para Cobra y planea recuperar sus explosivos de Nanomite que devoran el metal. Duke y Ripcord tendran que demostrar que son unos autenticos heroes norteamericanos impidiendo el lanzamiento de esos proyectiles antes de que Cobra los utilice para conquistar el mundo.