El mas grande descubrimiento cientifico en Pokemon-dom se ha logrado finalmente Mewtwo. Mewtwo se clono del ADN de los restos fosilizados de Mew el Pokemon mas raro. Pero cuando Mewtwo desperto se encontro encajonado en una especie de jaula de vidrio en un laboratorio incitandolo a cometer un destrozo. Mientras que cientificos desesperados trataron de mantener a Mewtwo bajo control Mewtwo borro el laboratorio y se fue a encontrar el proposito de su existencia. El Pokemon mas fuerte se ha creado pero este experimento ha salido mal. Pronto Mewtwo fija sus metas mas alla que los humanos alguna vez lo hicieron… ahora como Pikachu y compañia sobreviviran a este desafio Esta pelicula va acompañada con una mini-pelicula las Vacaciones de Pikachuy.