Francis Hummel pretende que se indemnice a las familias de los soldados muertos en misiones secretas. Tras robar 16 misiles equipados con gas venenoso toma Alcatraz y amenaza con lanzarlos sobre San Francisco. Para resolver la situacion el F.B.I. envia a la isla a un especialista en armamento biologico y al unico fugado de la famosa prision.