El mundo esta atonito intentando recuperarse despues de haber sufrido un suceso desastroso. Este suceso se conoce como Segundo Impacto y el resultado fue que la mitad de la poblacion mundial termino muriendo. El mundo esta estupefacto pero lo cierto es que los supervivientes lo unico que quieren es recuperar la tranquilidad perdida. Uno de los supervivientes es Shinji Ikari un joven que va a Tokio para ver a su padre. Su padre es miembro del gobierno y esta haciendo lo posible para que la gente vuelva a vivir tranquila. Sin embargo justo cuando su hijo llega a la ciudad en ella aparece un ser enorme que se dedica a sembrar el caos. El padre de Shinji quiere que su hijo este en la ciudad pero sin embargo va a ser su hijo la persona que pruebe la tecnologia que el gobierno ha desarrollado por si habia otra emergencia como la del gigante destructor.