La ciudad de Nueva York esta en peligro. Esto se debe a que Destructor y su malvado Foot Clan lo controlan todo. Todos los estamentos de la ciudad estan corrompidos de modo que la policia los jueces los politicos etc. trabajan para los criminales que he citado antes. Nadie puede hacer nada por lo que el futuro de la ciudad se presenta bastante oscuro. Por suerte para las personas de Nueva York cuatro hermanos salen de la marginacion y de las alcantarillas y se ponen manos a la obra. Estos cuatro hermanos son las Tortuga Ninja cuatro jovenes tortugas mutantes que van a luchar junto a su maestro la reportera April O´Neil y su camara. Como ha pasado en otras entregas de la saga todos juntos van a hacer frente al mal. El grupo va a intentar terminar con los malos pero la lucha sera dura y tendran que estar dispuestos a perderlo todo por el camino.