La accion se desarrolla en la jungla tropical proxima a las cataratas de Iguazu. Alli un misionero jesuita el padre Gabriel - Jeremy Irons sigue el ejemplo de un jesuita crucificado sin mas armas que su fe y una flauta. Al ser aceptado por los indios guaranies Gabriel crea la mision de San Carlos. Entre sus seguidores esta Rodrigo Mendoza - Robert De Niro ex-traficante de esclavos mercenario y asesino que se hace jesuita y encuentra la redencion entre sus antiguas victimas. Despues de luchar juntos durantes se enfrentan a causa de la independencia de los nativos Gabriel confia en el poder de la oracion Rodrigo en la fuerza de la espada