La pelicula Alien Apocalipsis comienza cuando el doctor Ivan Hood y su ayudante Kelly vuelven a la tierra despues de mucho tiempo cuando fueron a una larga mision espacial. Pero al regresar se llevaran una gran sorpresa cuando observen a su paso que la Tierra ha sido invadida y tomada a la fuerza por los Ajenos unos seres alienigenas muy agresivos que destruyen toda vida humana que ven. El doctor Ivan Hood y Kelly tendran que dirigir a una revolucion para derrotar a los invasores extraterrestres y liberar a la Tierra.