Sonic Knuckles y Tails se reunen para enfrentarse a un nuevo y poderoso adversario Shadow un misterioso villano cuyos poderes no se parecen a nada de lo que nuestros heroes han conocido hasta ahora. Con sus facultades superadas en todos los sentidos el Equipo Sonic tendra que establecer una insolita alianza con la esperanza de detener a Shadow y proteger el planeta.