Despues de establecerse en Green Hills Sonic se muere por demostrar que tiene madera de autentico heroe. La prueba de fuego llega con el retorno del malvado Robotnik en esta ocasion con un nuevo compinche Knuckles en busca de una esmeralda que tiene el poder de destruir civilizaciones. Sonic forma equipo con su propio compañero de fatigas Tails y juntos se lanzan a una aventura que les llevara por todo el mundo en busca de la preciada piedra para evitar que caiga en manos equivocadas.