La Agencia para la Investigacion y Defensa Paranormal - AIDP encomienda a Hellboy la tarea de derrotar a un espiritu ancestral Nimue conocida como La Reina de la Sangre. Nimue fue la amante del mismisimo Merlin durante el reinado del Rey Arturo de el aprendio los hechizos que la llevaron a ser una de las brujas mas poderosas… Pero la locura se apodero de ella y aprisiono al mago para toda la eternidad. Hace siglos consiguieron acabar con esta villana enterrandola profundamente pero ha vuelto de entre los muertos con la intencion de destruir a la humanidad con su magia negra.