Como recompensa por recuperar los 625 experimentos Lilo Stitch Jumba y Peakley han sido enviados a los distintos lugares de la galaxia donde cada uno cree pertenecer pero sus vidas pronto se ven altreradas cuando el malevolo Dr. Hamsterviel escapa de prision y obliga a Jumba a crear un nuevo experimento Leroy el malvado gemelo de Stitch. Todo empeora ademas cuando Hamsterviel clona a esta nueva criatura para crear su propio ejercito. La tarea de Lilo consistira en reunir a Stitch y al resto de la pandilla para combatir al malvado ejercito de Leroys... Cuando las cosas se ponen feas nuestros amigos decubriran que el lugar al que realmente pertenecen es aquel en el que estan todos juntos...