La historia original de Cyborg 009 gira alrededor de nueve inocentes que son convertidos a cyborgs en contra de su voluntad por la organizacion Black Ghost. Sin embargo los nueve elegidos se volveran en contra de sus captores con el fin de desbaratar los planes de la misteriosa organizacion y salvar a la humanidad haciendo uso de las nuevas habilidades que posee cada uno de ellos.