Kubo vive tranquilamente en un pequeño y normal pueblo hasta que un espiritu del pasado vuelve su vida patas arriba al reavivar una venganza. Esto causa en Kubo multitud de malos tragos al verse perseguido por dioses y monstruos. Si de verdad Kubo quiere sobrevivir antes debe localizar una armadura magica que una vez fue vestida por su padre un legendario guerrero samurai.