Nueva aventura de los animales mas famosos del Zoo de Central Park - Nueva York que se situa tras los acontecimientos de Madagascar y Madagascar Escape 2 Africa. Merry Madagascar comienza cuando Papa Noel y su trineo aterrizan de forma inesperada en la isla causando amnesia a Santa Claus. Ahora correspondera a Alex Marty Melman y Gloria - junto con los cada vez mas inventivos Pingüinos entregar los regalos y salvar la Navidad. Y como el trineo no esta dañado podria ser capaz de hacer un pequeño viaje a Nueva York y asi regresar finalmente a su amado hogar.