La ciudad de Nueva York esta en peligro como casi siempre de manera que las Tortugas ninja van a tener que hacer frente a el con la finalidad de salvar a la ciudad y a sus habitantes del desastre mas absoluto. Uno de los peligros viene del espacio. Una invasion de origen desconocido aterriza en Nueva York amenazando a sus habitantes y al mundo entero. Por suerte una vez mas las tortugas cuentan con colaboradores humanos en la superficie que les hacen la vida mas facil. En esta ocasion tendran tambien la ayuda de un vigilante ademas del elenco de siempre. Con esa amenaza ya seria suficiente para que las tortugas anduviesen muy ocupadas pero se tienen que enfrentar tambien a Shredder un villano conocido de ellas que parece que no habia muerto. Ahora ha secuestrado a un importante cientifico para conseguir el suero que hizo cambiar a las tortugas. Pretende emplearlas para matar a las tortugas y hacerse con el control de la ciudad para expandirse despues.