El malvado Shredder tiene un unico y perverso plan acabar con los cuatro superheroes Tortugas Ninja Mutantes Raphael Leonardo Michelangelo y Donatello. Para ello secuestra al profesor Jordan Perry creador del ”Moco Verde” que hace posible la mutacion de las Tortugas. Poco despues Shredder aplica la preciada sustancia a dos criaturas que acaba de reclutar convitiendolos en terribles e imponentes guerreros ninja que lucharan e intentaran terminar con los superheroes.