En esta pelicula Ben tiene que encontrar a Azmuth el creador del Omnitrix antes de que el Universo sea destruido por culpa del artefacto. Sin embargo en su camino se encuentra a dos villanos Vilgax y Sixsix quienes intentaran quitarselo. Ahora Ben Gwen y Tetrax deberan encontrar al creador del Omnitrix antes que se acabe el tiempo y el Omnitrix se destruya junto con Ben y el Universo.